نفت إيران اتهامات لها بلعب دور في الحرب الأهلية التي شهدتها طاجيكستان في التسعينيات من القرن الماضي معتبرة أن هذه المزاعم تهدف إلى إفساد العلاقات الثنائية بين البلدين.
وفي فيلم وثائقي بثه التلفزيون الرسمي يوم الأربعاء قال ثلاثة مواطنين من طاجيكستان إنهم بعد تلقي تدريبات في إيران قتلوا سياسيين وشخصيات بارزة في البلاد خلال الحرب التي استمرت من عام 1992 إلى عام 1997 وهاجموا قاعدة عسكرية روسية هناك.
وقالت السفارة الإيرانية في طاجيكستان في بيان ، إن الاتهامات لا أساس لها، مضيفة أن بث مثل هذه الأفلام المنحازة يظهر وجود دوائر معينة لا تريد صداقة أقوى بين البلدين.
وشاركت طهران في التوسط بين الأطراف المتحاربة في محادثات إنهاء الحرب في طاجيكستان بين القوات الحكومية والمعارضة المسلحة بقيادة الإسلاميين.